1956年5月，根据毛泽东主席关于财政部要加强财政经济问题研究的指示，财政部财政科学研究所正式成立。为财政部的直属事业单位和职能机构，主要进行财政理论政策研究工作。财政部原副部长陈如龙同志为第一任所长。此后，著名经济学家许毅和方晓丘、宁学平、何盛明同志先后担任所长职务。现任所长为贾康（研究员、博士生导师），其他所领导为：苏明副所长（研究员、博士生导师）、王朝才副所长（研究员、博士生导师）、罗文光（研究生部主任、副研究员）、刘尚希副所长（研究员、博士生导师）、白景明副所长（研究员、博士生导师）。1978年起所内设立研究生部，每年对外公开招收博士生和硕士生。
财政部财政科学研究所的主要任务是：紧密结合我国各个时期国民经济中的重大问题，围绕财政部门的中心工作，进行财经理论和政策研究，探讨客观经济规律，为国家决策提供咨询意见，为制定正确的财政方针政策和提高财政工作管理水平服务。研究方向和重点包括：宏观经济理论与政策；财政基础理论；收入分配；财政体制；政府预算；国家税收；会计；财政政策与货币政策协调配合；国有资产管理；企业财务；固定资产投资；社会保障；国债；农村财政；区域财政；外国财经；财政史等。
财政科学研究所现有具备高级专业技术职称的专家学者59人，中级专业技术职称的专家学者52人。
财政科学研究所的研究生部是专门培养财政、会计高级人才的副司级机构，也是国家教育部、国务院学位委员会批准的从事博士、硕士学历教育，学位授予单位，是财政学博士后流动站，我国第一个会计电算化博士点。所内教育科研力量雄厚，有博士生导师37人，硕士生导师53人。1978年成立以来已招收了27届硕士研究生，16届博士研究生。多年来为我国财政、税务、会计及财务界培养了大量的高级人才，被业内人士称为财政界的“黄埔军校”。目前的研究生部主任是罗文光。
财政科学研究所内设综合政策、基础理论、区域财政、财务会计、税收、国有资产、财政史、外国财政、金融研究室及科研组织处、会计电算化中心等10多个研究处室，此外有编辑部、图书资料馆，以及办公室、党办人事处、财务处等行政后勤单位。这里同时是中国财政学会秘书处、中国珠算协会秘书处的所在地。
所内编辑部主要负责《财政研究》和《中国财经信息资料》的编辑出版，《财政研究》是中国财政学会会刊（月刊）,《中国财经信息资料》1999年创刊。两个刊物主要反映和介绍财经动态、改革状况和财经理论成果。
财政部财政科学研究所还编有《研究报告》、《财政科研简报》、《科研内报》、《财经动态资料》等一些内部资料，不定期地向国务院、财政部和有关部门反映情况，供领导决策参考。
中国财政学会秘书处是中国财政学会常务理事会的办事机构，作为财政科研所的一个职能处室，主要负责组织财政学会的学术活动。
改革开放以来，财政部科研所与国外财政界的交往与合作研究日益扩大，所内科研人员多次到美国、英国、法国、德国、日本、韩国、俄罗斯、加拿大、澳大利亚、巴西、以色列、南非、埃及、印度、泰国、新加坡等国家考察、学习、参加研讨会，进行合作课题研究，并派出多批中青年科研骨干赴国外培训、学习、参加研讨会，进行合作课题研究，并派出多批中青年科研骨干赴国外培训、学习、借鉴外国财政理论和实际工作经验。多次邀请和接待世界各国的财政专家、学者来华访问，进行学术交流。
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